Wnioskodawcy przysługuje prawo do odwołania się od wyniku oceny wniosku o dofinansowanie projektu, zarówno w przypadku weryfikacji formalnej jak i merytorycznej (odwołanie nie dotyczy tylko negatywnej oceny wniosku, ale także sytuacji, gdy wniosek został pozytywnie oceniony, ale nie został zakwalifikowany do dofinansowania ze względu na wyczerpanie puli środków).
W ramach procedury odwoławczej obowiązują dwa etapy: etap przedsądowy oraz etap sądowy.

Na etapie przedsądowym, wnioskodawcy przysługują dwa środki odwoławcze: protest i odwołanie.

Protest składany jest do WUP w Łodzi w formie pisemnej w terminie 14 dni kalendarzowych od dnia otrzymania informacji o wyniku  oceny i podlega rozpatrzeniu w terminie 30 dni kalendarzowych.
W przypadku pozytywnego rozstrzygnięcia protestu, WUP w Łodzi przeprowadza ponowną ocenę wniosku, która trwa: 14 dni (ponowna ocena formalna) lub 21 dni (ponowna ocena merytoryczna).
W przypadku negatywnego rozpatrzenia protestu, wnioskodawca w terminie 7 dni kalendarzowych od dnia otrzymania informacji, może wnieść odwołanie do Instytucji Pośredniczącej PO KL. Odwołanie rozpatrywane jest w terminie 30 dni kalendarzowych.

W przypadku negatywnego wyniku rozstrzygnięcia zarówno protestu jak i odwołania, wnioskodawcy przysługuje prawo do wniesienia skargi w tym zakresie do wojewódzkiego sądu administracyjnego (etap sądowy).